År 1030 grundade storfursten Jaroslav en stad mitt i Estland som han kallade Jurev. Staden erövrades 1224 av Tyska Ordens riddare som gjorde den till biskopssäte med namnet Dorpat. Under senmedeltiden tog Hansan kontroll över staden och Dorpat utvecklades till en viktig handelsstad. Man exporterade pälsverk, timmer och tjära. Den viktigaste importvaran var salt. Under 1500-talet förlorade staden en stor del av sin betydelse inom handeln. År 1625 blev Dorpat en del av den svenska stormakten. 1632 anlades ett svenskt universitet i staden och svenskarna försökte även att införa svensk lag och förvaltning i de baltiska områdena. För att införa svenskt rättsväsende inrättades en hovrätt i Dorpat, den tredje i det svenska riket, 1630. Under det stora nordiska kriget erövrade ryssarna Dorpat 1704. Staden förblev därefter rysk till första världskrigets slut. 1920 blev Dorpat en stad i ett fritt Estland. 1940 ockuperades Estland av Sovjetunionen, en ockupation som upphörde 1991. Sedan dess är Tartu återigen den främsta kulturstaden i det självständiga Estland.