1167 lät biskop Absalon från Roskilde bygga en borg vid en handelsplats som kallades Havn. Biskopen hade fått området av kung Valdemar I. I början av 1200-talet började köpmännen alltmer intressera sig för platsen. En stad anlades efter tyskt mönster med torg, kyrka och rådhus i centrum. Namnet ändrades till Köpenhamn och 1254 fick staden stadsrättigheter. Handeln och sillfisket i södra Östersjön gjorde att Köpenhamn växte snabbt under 1200- och 1300-talen. Flera kyrkor byggdes och staden fick en kraftig stadsmur. 1368 erövrades staden av Hansan som rev befästningarna. År 1416 fick biskoparna i Roskilde överlämna staden till kungen. Borgen återuppbyggdes som kunglig bostad och staden började fungera som huvudstad i det danska riket. Under medeltidens sista århundrade växte staden kraftigt. Staden blev en förebild för andra danska städer. I början av 1600-talet anlade kung Kristian IV flera nya stadsdelar. Trinitaskyrkan med Runde Tårn började byggas. Under Christiansborg, där Folketinget har sina lokaler, kan man se ruinerna av Absalons borg och det första Köpenhamns slott. I övrigt har de flesta av de medeltida byggnaderna försvunnit i ett antal stadsbränder. Däremot finns flera av 1600-talsbyggnaderna kvar.